La presenza dei Messapi è testimoniata da quattro pilastri di pietra, simboli religiosi, presso i quali venivano fatte offerte alla divinità. Al periodo Romano risalgono invece diverse colonne monolitiche ritrovate in mare. Dopo un periodo di vitale commercio Portus Sasinae cadde nel totale abbandono e degrado, anche a causa delle scorrerie dei pirati e di attacchi della vicina Gallipoli, che la vedevano rivale nei traffici pescherecci e che volevano impadronirsi del suo porto. Non si conosce precisamente la la data della distruzione, probabilmente intorno al 200-300 d.C. Qualche secolo dopo, verso l’anno Mille, dei monaci dell’ordine basiliano costruirono un’abbazia che rimase per cinquecento anni e che permise la rinascita del centro. Fu riconosciuta e chiamata Cesaria, dai Greci e, pian piano, il piccolo nucleo si espanse grazie al porto commerciale da cui passavano olio e grano sia per la Sicilia che per le Repubbliche Marinare. In quella fase fu realizzata anche la “”Torre Cesarea”. A partire da questo momento il piccolo Porto, sinora appartenuto agli Orsini del Balzo, principi di Taranto, passò agli Acquaviva, duchi di Nardò. Sino alla fine del 1700 il Porto di Cesarea cadde in abbandono sia per la malaria che per le continue invasioni piratesche. Agli inizi del ‘800 comincio’a svilupparsi il piccolo centro urbano destinato a crescere e popolarsi, fino ad arrivare alla fine del secolo, quando ormai si contava qualche centinaia di abitanti e venne costruita la bellissima chiesa in onore di Santa Maria de Cesarea. Nel Novecento fu bonificato integralmente l'entroterra agricolo e l’area circostante (detta Terra d’Arneo), cominciando ad assumere rilevanza non solo come piccolo porto ma anche come centro balneare. Oggi Porto Cesareo conta un importante mercato ittico e soprattutto è un attrezzato insediamento turistico che gode di oltre 17km di spiagge finissime e di un’area marina protetta.